由于ERP层和DCS层的TT应用起步较早，多已基本实现，因此，需要通过MES层的功能实现两者的整合，并填充其间的空隙或狭缝。最初，MES并没有一个非常明确的定义，它几乎涵盖了所有无法准确地分配给其他层的应用程序或产品，大多数都是由一些定制的应用程序逐渐演化而来，而这些应用程序基本上都是由系统集成商针对某类特定用户进行开发的，且通常都是针对某个特定领域特点如下：
1：MES系统追踪
MES系统采用自动辨识技术，通过传感器等仪器设备自动采集现场生产数据，同时，也将下达的生产指令经过各类电子显示装置实时告知有关工作人员，最终达到无纸化管理与控制目的。
2：MES系统监督
与传统人工管理方式相比，应用MES能够适时掌握制造资源的最新状况及历史过程，再结合制造和作业规则进行监督。MES通过随时将追踪的状况与设定的标准值进行比较，一旦发生异常则立即通过计算机网络通知相关人员进行处理。
(1) 制造规格的监督。例如，某类产品需要使用特殊规格的材料或组件，须经过某些制造程序，或者是某成品需要某些包裝配件，根据这些要求，作业人员在实际工作时通过自动辨识技术或与设备联机，十分方便地让MES得知作业情形，并与事先设定的标准对比，实时进行核对等处理。
(2) 制程品质的监督„实时收集现场的产品质量信息，并根据不同的过程、产品检验、修理与维护、站别、产品时间区段或指令进行统计分析，MES并立即反馈给相关单位，达到产品质量预警的效果。MES该项功能可以大量减少工作现场因人为疏忽造成产品再加工或损坏，因而降低了直接人工、物料及成本，并具有产品预警的效果。
(3) MES生产设备的监督。随时了解各个重要生产设备的状况，如发生异常，则能够实时进行维修，并调整相应的生产活动。
3：MES系统控制
MES依赖制程监督职能，可以进一步将制程各个独立的自动化物料搬运设备、自动检测设备及自动化生产设备进行联机，构成比较完整的自动化系统，MES综合发挥其作用。通常，各自独立的自动化设备往往只是解决了某项制造的生产瓶颈问题，而该项目自动化作业前后的工作仍然需要人工予以配合，并未充分发挥这些昂贵设备的功能。
MES及柔性制造系统(FMS)在这方面的辅助作用是显著的。其中，FMS是以一个或数个自动化生产设备为核心，配合柔性的外围设备，使得制造单元能够更加有效地自动执行制成程序；同时，MES掌握生产过程的最新状况、制成规则及规划系统所设定的生产目标，因而能够有效地整合控制各自独立的自动化设备，提升系统整体的生产效率。
4：MES系统管理
MES采集来自生产现场的数据，除了可以供现场监督、控制使用外，还能够用于现场管理。MES将现场实时采集的数据，以及监督控制的状态等信息，MES立即存入数据库;不但涉及最新的生产状态，也包括长期储存的历史数据，再利用数据库强大的查询、分析、报表功能，优化现场管理。
